LINUX.ORG.RU

Использование программной части Википедии научными сообществами на примере биоинформатиков

 , ,


0

0

Группа биоинформатиков, используя стандартную программную часть Википедии (которая распространяется по лицензии GNU Free Documentation License (GFDL)) и специально разработанные алгоритмы для "рисования" моделей биохимических путей, создала в сети базу данных WikiPathways, содержащую информацию о биохимических путях организмов, организованную по принципу Википедии.
http://img.lenta.ru/news/2008/07/24/w...

Поиск в WikiPathways можно вести по названию того или иного биохимического пути, названию гена или белка или ключевым словам.

Как и в Википедии, зарегистрированные пользователи могут редактировать контент, добавлять к нему информацию или создавать новые страницы.

Это не первый биоинформатический инструмент, созданный разработчиками WikiPathways. В 2001 году они создали программу Gene Map Annotator and Pathway Profiler (GenMAPP), которая позволяла вычленять основные направления в сложных биохимических путях. Программа активно использовалась, однако пользователи редко посылали созданные с использованием их данных схемы обратно. Поэтому было принято решение создать базу по принципу Википедии, которая предусматривает постоянное увеличение количества содержащейся информации самими пользователями.

В последнее время формат Википедии стал очень популярен среди биоинформатиков. Так, несколько месяцев назад была создана база WikiGene, содержащая информацию о генах человека. Принцип Википедии используется также в базе Protein Data Bank Wiki ("хранилище" трехмерных структур молекул белков и нуклеиновых кислот) и еще нескольких менее популярных базах.

Как показывает в том числе и этот пример, Wiki предоставляет удобный механизм для онлайнового обмена научной информацией и ее (информации) совместного наполнения и использования. Своего рода современный аналог специализированной научной периодики, который может использоваться в практически любых отраслях.

http://www.wikipathways.org/index.php...
http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_...

>>> Подробности

★★★★

Проверено: Shaman007 ()

Молодцы! Однако... неужто стандартных баз и инструментария NCBI ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html ), UCSC Genome Bioinformatics ( http://www.genome.ucsc.edu/ ) и пр. недостаточно? ИМХО, лисапед, созданный в угоду модному течению -- делать всё через ж... вики-движок. :)

Stalin ★★★★★
()

И Линукс тут непричём, и Opensource: о какой свободе может идти речь, если всё распространяется по лицензии сс-nc-sa?

Lockal
()

О!! только протоколов контроля целостности, в "чистом" Вики - нету.

p.s. прочитал тайтл как "... на примере быдлоинформатиков" недосып-с

BasileyOne
()

Меня прёт ген - Ёжик Соник.

stalkerg ★★★★★
()

Вещества в силе!

anonymous
()

>Как и в Википедии, зарегистрированные пользователи могут редактировать контент, добавлять к нему информацию или создавать новые страницы.
Неправда, Википедию анонимусы тоже могут править, а не только зарегистрированные пользователи!

LebedevRI
()

смотря какой тэг у статьи. Вики орг - дрейфует к правилам Dmoz.org и люди там зачастую - те же. лишь бы не кончилось как с Dmoz.org(появился Гугль и все сп...ил)

BasileyOne
()
Ответ на: комментарий от LebedevRI

Долой анонимусов с википедии!

anonymous
()

> программную часть Википедии (которая распространяется по лицензии GNU Free Documentation License (GFDL)

4.2. MediaWiki распространяется под GPL.

INFOMAN ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от INFOMAN

> 4.2. MediaWiki распространяется под GPL.

Да. Невниательно прочитал.

MediaWiki is distributed under the terms of the GNU General Public License while its documentation is released under the GFDL and partly in the public domain, making it free and open source software.

Bod ★★★★
() автор топика
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.