это же баг фикс релиз, ничего в процессе сборки не изменилось,
следовательно надо предущей версии ebuild скоприовать
и изменить номер версии в название ebuild а потом сказать
ebuild iptables-1.3.ebuild digest
ebuild iptables-1.3.ebuild merge
Это бакгфикс релиз по отношению к 1.3.0rc1, а вообще это major update to 1.2.11 как сказано на сайте, и в нем достаточно много отличий от 1.2.x. По ссылкам надо иногда кликать...