Pymol 1.5

＞1700%
Т.е. было вообще всё плохо?

Зачем здесь не только закрытая, но еще и платная программа?

Нет, он был няшен и прекрасен. ~150к атомов рибосомной субъединицы на core i5 рендеряться в районе 90с.

изначально она была открытой, потом разделилась на 2 ветви - платную и открытую. фичи из платной постоянно, но с некоторым запозданием, попадают в открытую. тем более она кросплатформенная и очень широко распространена в среде биоинформатиков, биологов и прочих смежных областях.

ах да, я хотел сделать это мини-новостью, но, что-то, галки нужной не вижу.

на питоне?

да, с сишными вставками. чем, в частности, привлекает многих пользователей, ибо написать плагин не составляет большой проблемы.

Use Avogadro, Luke

нарисуешь мне, хотя бы, также?

Для Ъ: PyMol - один из лидеров в области 3D визуализации биологических молекул, и, пожалуй, лидер в области подготовки красивых картинок для публикаций.

Для Ъ-новостеписатиеля: написать что такое PyMol нужно было в начале новости а не в конце. Я за бан.

Скорость рендеринга возросла до 1700%(!)

А уж как он будет летать на Oracle Unbreakable Linux с подключенным MySQL!

если есть pdb'шки, то не проблема

Avogadro - это несерьёзно. Монолитный антиюниксовый пакет. Пригоден только для начального ознакомления с молекулярнй динамикой. Для серьёзной работы непригоден вообще.

А, так вот в чём наш шеф целыми днями белки крутит...

Монолитный антиюниксовый пакет.

Ой-йой. Как будто все остальные такие прям юниксовые.

Для серьёзной работы непригоден вообще.

И что же использует господин эксперт?

Не совсем понятно... а где написано, какие именно возможности у опенсурсной версии, и у платной? Где различия на сайте?

Открытая стабильная версия, на данный момент - 1.4.1, соответственно все, что есть в последнем чейнджлоге, отсутствует в ней. В транке, насколько я знаю, сейчас лежит 1.5.0.beta.X, некоторая часть плюшек релиза 1.5.0, соответственно там доступна, но последний коммит был 3 недели назад.

нарисуешь мне, хотя бы, также?

это еще не предел, есть qutemol (http://qutemol.sourceforge.net/fxs/)

sliw а где вы это используете? Раньше я был связан с этой темой но сейчас увы отдалился (и да что то раньше такого класса программ не помню, 2002-2003 года был).
где бы найти файлики с хромосомами... все свои растерял (файлики в смысле).

учитывая, что он умер еще в 2007 году, имеет довольно мало режимов отображения и не умеет ничего, кроме PDB - как-то не айс.

а в pymol, кстати, можно вставлять целые траектории (*.trr или *.xtc) полученные GROMACS. и экспортировать в vrml, чтобы допиливать изображения в блендере или вставлять интерактивные модели в pdf.

Визуализаторы существуют уже очень долго. Тот же Rasmol существует с 95 года, есть еще более древние, как-то даже приходилось что-то из них щупать, потому что там был неплохо реализован алгоритм для пространственного выравнивания)

модели проще всего найти в банке PDB

Что в нем есть такого, чего нельзя сделать в VMD?

набор функций в них сильно похож. но интерфейс vmd, когда я его смотрел около года назад, показался мне сделанным для каких-то инопланетян. с другой стороны, опции для настройки сцены в pymol, местами, слабо задокументированы, но pymolwiki очень полезный источник.

так что, если вы сильно продвинутый пользователь vmd, и считаете, к тому же, в namd'е, то смысла переходить нет.