Удалось настроить, делюсь как.

Конфигурация мониторов:
Монитор 1: HDMI-0 (дополнительный, справа от основного, повёрнут налево)
Монитор 2: DP-0 (основной)

Используемый greeter: lightdm-gtk-greeter (по умолчанию) (проблема проявляется с любым гритером).

Проблема: при входе в систему окно входа отображается на дополнительном мониторе без поворота (а в реальности - повёрнуто вправо), при этом основной монитор выключен.

Причина: при запуске менеджера дисплеев основной монитор не инициализирован, xrandr --listmonitors не выводит его в списке.

Решение

Настройка мониторов при запуске LightDM

/usr/share/lightdm/lightdm.conf.d/99_user.conf

[Seat:*]
display-setup-script=xrandr --output DP-0 --auto --primary --output HDMI-0 --rotate left --right-of DP-0

Пояснение:

1. Инициализировать основной монитор и сделать основным: --output DP-0 --auto --primary;
2. Дополнительный монитор повернуть налево и расположить справа от основного: --output HDMI-0 --rotate left --right-of DP-0.

Настройка гритера lightdm-gtk-greeter

/usr/share/lightdm/lightdm-gtk-greeter.conf.d/99_user.conf

[greeter]
active-monitor=DP-0

Назначить активным основной монитор. Можно указать также порядковый номер (нумерация с нуля, основной монитор всегда первый).

Можно сразу проверить: sudo systemctl restart lightdm.service