Столкнулся в первый раз.

netstat -na | grep :80 | wc -l
1913

netstat -na | grep :443 | wc -l
1893

Временно добавил в iptables строчки для ограничения числа входящих запросов (не более 20 с адреса), однако правила не применяются, флуд проходит сотнями запросов с одного IP.

Вот текущий вывод: iptables -L –line-numbers

Chain INPUT (policy ACCEPT)
num target prot opt source destination
1 REJECT tcp -- 0.0.0.0/0 0.0.0.0/0 tcp dpt:80 #conn src/32 > 20 reject-with icmp-port-unreachable
2 REJECT tcp -- 0.0.0.0/0 0.0.0.0/0 tcp dpt:443 #conn src/32 > 20 reject-with icmp-port-unreachable

Chain FORWARD (policy ACCEPT)
num target prot opt source destination

Chain OUTPUT (policy ACCEPT)
num target prot opt source destination
1 ACCEPT tcp -- 0.0.0.0/0 0.0.0.0/0 multiport dports 25,465,587 owner GID match 986
2 ACCEPT tcp -- 0.0.0.0/0 0.0.0.0/0 multiport dports 25,465,587 owner GID match 12
3 ACCEPT tcp -- 0.0.0.0/0 127.0.0.1 multiport dports 25,465,587 owner UID match 989
4 ACCEPT tcp -- 0.0.0.0/0 0.0.0.0/0 multiport dports 25,465,587 owner UID match 0
5 DROP all -- 0.0.0.0/0 172.0.0.0/8