Распишу попунктно, почему так получилось. Факты из реальной жизни.

1. Стоимость внедрения не-Windows - сопоставима с Windows (обычно немного дороже даже - процентов на 15-20)

2. Клиент вынужден из-за выбора малофункциональной ОС линус отказываться от многих эффективных приложений (CRM, ERP-системы, управление временем, множество финансовых приложений, приложений BI, СУПР и подобных), что сразу ведёт к ослаблению позиций на рынке и крайне ухудшает ситуацию (люди откровенно отказываются работать методами каменного века - представьте себе менеджера, у которого была CRM, в которой он легко работал с тысячью клиентов, а теперь ему предлагают OpenOffice, а у менеджера - процент от оборота).

3. Очень дорогая поддержка в расчете на хост - количество инцидентов и обращений пользователей выше примерно в 5 раз, что делает стоимость поддержки выше, чем планка допустимых затрат. Причем количество инцидентов со временем растёт (а не как с Windows - уменьшается) - т.е. если с Windows пользователь со временем учится эффективнее решать задачи, то с линуксом пользователь чем дальше, тем чаще спрашивает "а почему тут нельзя сделать то-то и то-то?". Ну не скажешь же ему честно, что вся эта штука проплачена заинтересованными в ухушении качества IT-инфраструктуры в стране "западными инвесторами"...

4. Большие проблемы с безопасностью (управление правами доступа к общим ресурсам, аудит) - в линуксе нет систем сопоставимых по уровню даже с Windows 2000, что влечет к множеству сложноразрешимых и плохих ситуаций внутри организации (типа раньше был файл-сервер, где всё было по полочкам, а сейчас каждый бери что хочешь и делай что хочешь). Большинство базовых функций по управлению доступом, которые в Active Directory делаются в несколько кликов, в линукс требуют несопоставимо большего объёма работы (то самое "а в любой момент можно дописать").

5. Проблемы с быстродействием - когда товарищи дома сверяли работу свежеустановленной ОС (убунту меряли) и без приложений, с виндой, на которой работали по 3-4 года, и стоит тьма софта, то получалось хорошо. На практике вот получилось не очень. Оказывается, линукс пухнет от установленных приложений на порядки быстрее - гигабайты только летят. Огромный объём оверкодинга (это в глупом Windows функции API реализованы по 1 разу и хорошо, а в линукс свобода - одинаковых по задачам функций в памяти может быть несколько десятков штук) приводит к тому, что оперативная память летит молниеносно - сравнить с Windows, где после загрузки основных сборок .NET приложения измеряются в мегабайтах, просто нереально - в линуксе по факту каждое приложение грузит почти всё "самостийное" - такое легко заметно после отхода от детского "а я браузер и пидгин запустил и всё, больше ничего не надо".

6. Проблемы миграции - оказывается, что смигрировать более-менее наполненную софтом рабочую станцию (какого-нибудь главбуха - с 3-4 1С, такскомами, и иже с ними - программами 20-30 легко) практически нереально без потерь, а потери на таких рабочих станциях практически сразу ставят крест на клиенте.