По ходу написания PhD, задолбался GeneMapper-ом, его прибитостью гвоздями к венде, чуть меньшую прибитость гвоздями к Ораклу (GeneMapper ID-X 1.7 уже PostgreSQL использует), жручестью, непереносимостью, сильно платностью (16 килобаксов лицензия на 1 человекоместо!). Ну и подумал, что надо посмотреть, а что есть свободного. Нашёл NCBI OSIRIS, но он только для венды и макоси. Есть fatools, есть что-то для R, но не интерактивное ни разу. А у fatools, как по мне, ещё весьма путанный и слабо комментированный код с однобуквенными или около того именами переменных и прочими подобными прелестями.

По итогу, взял я в зубы BioPython, pyqtgraph, SciPy и начал писать свою программу.

Пока что получается неплохо: добился корректной работы с файлами, где реализовано лишь ограниченное подмножество ABIF, с файлами, полученными до стандартизации ABIF (другие смещения, другие названия полей данных...), с файлами HID (получаются на криминалистических капиллярниках ABI 3500 HID, немного отличаются от стандартных ABIF, не особо описаны), определение размера фрагментов с помощью степенных сплайнов или методом наименьших квадратов (мне эту часть математики не преподавали вообще, тип нафига это химикам или биологам. А вот надо! И тем, и другим! Чтоб не заниматься мазохизмом с вычислением площади пиков распечаткой, вырезанием и взвешиванием, а положения измерением линейкой - да, мы так в универе делали в 2013-2014...).

В планах прикрутить автоматическое определение аллелей (биннинг) и импорт STR панелей из CSV файлов.

Собственно, на скрине видны данные для аллельного маркера GlobalFiler - рассчитанные размеры в окне программы и предполагаемые с допустимыми отклонениями - в LibreOffice (взято из данных панели GlobalFiler для капиллярника SeqStudio HID). Лицензия программы - AGPL v3. Дистрибутив на скрине openSuSE Tumbleweed, машина - Cisco UCS C240 M3, видеокарта встроенная Matrox с 8Мб видеопамяти, поэтому да, ШГ во все поля.

Ссылка на репозиторий: https://github.com/Dorif/fragalyseqt

И да: кастую DNA_Seq - давно не видел, может обрадую, что не помер и даже что-то ещё развиваю.)

>>> Просмотр (1024x768, 178 Kb)

Команда разработчиков sigrok рада представить очередное крупное обновление всех компонентов проекта: libsigrok 0.5.0, libsigrokdecode 0.5.0, sigrok-firmware-fx2lafw 0.1.5, sigrok-cli 0.7.0 и PulseView 0.4.0.

Целью проекта sigrok является создание модульного переносимого кросс-платформенного СПО для захвата и анализа сигналов, поддерживающего большое количество различных устройств (логических анализаторов, осциллографов, мультиметров и т. п.). Основная лицензия проекта — GPL версии 3 или выше.

Релиз включает в себя множество обновлений, связанных с поддержкой новых устройств, новых декодеров различных протоколов, значительные усовершенствования графического интерфейса и большое количество других улучшений и исправлений.

( Подробное описание изменений )

>>> Подробности

Вышла свободная система программирования ПЛК YAPLC.

Система представляет собой набор программ и бибилиотек со свободными лицензиями, которые позволяют создавать программное обеспечение ПЛК на базе микроконтроллеров.

Особенности YAPLC:

• Прозрачность: компоненты системы являются свободным программным обеспечением с открытым исходным кодом.
• Для программирования используются пять языков стандарта IEC-61131-3, для расширения программ можно использовать С.
• В качестве формата обмена данными используется PLCopen XML.
• Простота расширения:
  • для добавления новой аппаратной платформы достаточно:
    • создать проект среды выполнения,
    • добавить туда общие файлы,
    • написать BSP;
  • для связывания со средой разработки достаточно:
    • скопировать один из наборов целевых файлов,
    • внести изменения в соответствии с возможностями аппаратной платформы (периферия описывается простым декларативным языком);

По состоянию на 4 апреля 2017 г. YAPLC включает следующие компоненты:

• Beremiz - интегрированная среда разработки программных ПЛК на языках IEC-61131-3;
• matiec - транслятор языков програмрования IEC-61131-3, генерирует программный ПЛК на С;
• GNU ARM Embedded Toolchain - легендарный набор инструментов разработчика на С и С++.
• CanFestival - стек CanOpen;
• FreeModbus - стек ModBus;
• libopencm3 - библиотека драйверов периферии для микроконтроллеров с ядрами Cortex-Mх;
• stm32flash - загрузчик для микрконтроллеров STM32;
• YAPLC/RTE - минималистичная среда выполнения программмных ПЛК;
• YAPLC/IDE - расширения для Beremiz, позволяющие создавать приложения YAPLC/RTE:
• YaPySerial - динамическая библиотека для замены PySerial (замечено, что PySerial не всегда корректно определяет платформу).

В данный момент система YAPLC выходит на стадию открытого тестирования.

Текущий релиз системы предназначен для специалистов по АСУТП, желающих принять участие в тестировании системы и приборов на ее основе.

Авторы приглашают специалистов по АСУТП принять участие в этом увлекательном процессе.

>>> Подробности

Спустя три года после предыдущего релиза, вышла новая версия свободного (GPL) редактора топологии печатных плат — pcb 4.0.0, который развивается в рамках набора СПО для электроники gEDA.

Несмотря на заметное увеличение мажорной версии, кардинальных изменений этот выпуск не содержит. Разработчики решили отказаться от схемы нумерации версий, когда выпуски формировались основанными на дате снимками ветки 1.x.

В выпуск включено около 480 коммитов, в основном — исправления ошибок (закрыто 56 отчётов), рефакторинг и небольшие улучшения.

( читать дальше... )

>>> Подробности

Добрых суток, ЛОР.

Сборка ГНУ Емакса — процесс небыстрый, но при желании поиграться немного с сишной частью — очевидно, неизбежный. Большую часть времени при этом занимает компиляция кучи прилагающихся программ на Лиспе в байткод.

Как их можно не собирать? $ ./configure --help что-то ничего на этот счет не подсказывает. Среди целей сборки находится src$ make temacs, и это еще раньше, чем начало компиляции Лиспа, но результат вопреки предполопжениям еще не работоспособен:

$ ./temacs 
Loading loadup.el (source)...
Using load-path (/home/main/src/emacs/lisp)
Loading emacs-lisp/byte-run (source)...
Loading emacs-lisp/byte-run (source)...done
Loading emacs-lisp/backquote (source)...
Loading emacs-lisp/backquote (source)...done
Loading subr (source)...
Loading subr (source)...done
Loading version (source)...
Symbol's function definition is void: pcase

Как же правильно?

Подскажите что нужно сделать для того, чтобы Gnus показывал письма из почтовых рассылок в отдельные группы, то есть когда я в режиме Group, я бы хотел видеть отдельные «папки» с почтовыми рассылками. Давным давно я это делал с помощью sendmail+procmail+mutt, как это можно сделать в Гнусе?

Я пользуюсь google почтой по IMAP протоколу.

https://lists.gnu.org/archive/html/emacs-devel/2016-09/msg00451.html

Highlights of this release include:
- Emacs can now load shared/dynamic libraries (modules)
- Experimental support for Cairo drawing
- Enhanced network security (TLS/SSL certificate validity and the like)
- New minor mode 'electric-quote-mode' for using curved quotes as you type
- Character folding support in isearch.el
- Xwidgets: a new feature for embedding native widgets inside Emacs buffers
- New and improved facilities for inserting Unicode characters

Сегодня вышел первый релиз Telepathy-Morse — менеджера соединений с Telegram для Telepathy.

( читать дальше... )

>>> Подробности

Нодоело в TikZ вечные blue!30, red!43. Потратил немного времени и набил пакетик с определениями цветов из первой попавшейся палитры.

Кому надо, файлик и пример тут

>>> Просмотр (1920x1045, 293 Kb)

Доброго вечерка!

Ещё с давних пор я смирился с тем фактом, что хардварная разработка будет проходить на винде. Eagle и Keil не оставляли меня в покое.

Чуть более года назад я перешёл на kiCad, чем был чрезвычайно доволен! Просто невероятно крутая ЕДА и удобная. Теперь ещё меньше времени стал проводить в винде...

Но keil так и не хотел уходить. А на фоне эклипса (SW4STM32) keil выглядел прямо таки великолепно. И, к огромному сожалению, работать в своём емаксике было совсем не удобно - библиотеки HAL просто гигантские, а юзать Stm32CubeMX и переписывать Мэйкфайл после каждого действия было бы мазохизмом. Ещё одной проблемой была отладка и загрузка прошивок.

Но всё встало на свои места через некоторое время после поисков. Сначала нашёл опенсорсный st-link (на то время он был кривоват), а потом и скрипт для генерации мэйкфайла по проекту STM32CubeMX.

https://github.com/baoshi/CubeMX2Makefile

https://github.com/texane/stlink

Сделал тестовый проектик. И ОНО СКОМПИЛЛИРОВАЛОСЬ! Я был щастлев. Но прошивка на STM32F4xx не удалась =с Только сработало с STM32F103. Но всё-равно.

И вот через несколько месяцев у меня появилось время между проектами и я решил похимичить. Репозиторий ст-линк обновился - теперь всё дебагилось и шилось без проблем. С компиляцией проблем не было тоже(только пришлось добавить -с99 в генерацию мэйкфайла).

И решил я прицепить это к емаксу. И получилось отлично! Но не так идеально, как я хотел... время поджимало, поэтому вышли костыли.

Я использовал EDE проекты для автокомплита, компиляции и дебага. И в идеале хотел сделать для ЕДЕ тэмплейт, чтобы всё было автоматизировано, но пока есть только костыли.

Мне оч нравится lisp, но нет времени и задач для его изучения, поэтому код может быть ужасным. Но он работает ^^

Итак мой костыль для stm32 в емаксе: https://github.com/SL-RU/stm32-emacs

1. нужно установить CEDET и https://github.com/texane/stlink
2. клонируем https://github.com/SL-RU/stm32-emacs и делаем git submodule update --init
3. в init.el

   (load-file (concat user-emacs-directory "/stm32/stm32.el"))
   (require 'stm32)
   ;;По желанию
   (stm32-load-all-projects)
   (global-semantic-idle-scheduler-mode 1)
   

4. создаём проект в CubeMx и генерируем его для SW4STM32
5. M-x stm32-new-project RET *select CubeMX project path*
6. stm32-run-st-util для запуска st-util
7. stm32-start-gdb для запуска gdb
8. (gdb) load для загрузки прошивки
9. stm32-generate-makefile для перерегенерации мэйкфайла и тд после изменений в кубМх и тд

И оно роботаит. О том как загружать прошивку стоит почитать в доках st-util.

Итак, что вы можете предложить, чтобы улучшить ето? Текущее состояние довольно юзабельно, но можно же сделать лучше, хех

Тема и иконки генерируются https://github.com/actionless/oomox

Шрифты Roboto и Input Mono Narrow

Обои с subtlewallpapers.

Мой awesome конфиг генерирует украшения на основе конфигурации oomox: https://github.com/actionless/awesome_config/tree/devel/themes/gtk

На скриншоте можно увидеть GTK+ 2 приложения, Hexchat и Nitrogen, в которых управляющие элементы адекватно масштабируются в сравнении с GTK+ 3 приложением рядом.

>>> Просмотр (3840x2160, 1240 Kb)

Иногда создаю на ЛОР-е темы не про МЛУГ, вот собственно в своё время был тред о том нужна ли лекция о KiCAD. Собственно фестивалей по линукс в Москве, что-то не предвидится, а записывать скринкаст на семинаре, как показала практика - плохо.

В общем доделал видео о начальной работе в KiCAD

В общем к своему ужасу ожидаю обратной связи от ЛОР-а, конструктивной. Что ещё осветить, что добавить в начальный урок, а что убрать. Чем заменить screenkey.

pihter, Puzan, Eddy_Em, AP, CYB3R, Kosyak, ncrmnt, SMD

наши проектанты для себя сделали. я поюзал немного. вроде нормально.

добавляет в ебилд флаг:

> equery u geda
[ Legend : U - final flag setting for installation]
[        : I - package is installed with flag     ]
[ Colors : set, unset                             ]
 * Found these USE flags for sci-electronics/geda-1.9.1:
 U I
 - - debug    : Enable extra debug codepaths, like asserts and extra output. If you want to get meaningful backtraces see https://wiki.gentoo.org/wiki/Project:Quality_Assurance/Backtraces
 - - doc      : Add extra documentation (API, Javadoc, etc). It is recommended to enable per package instead of globally
 - - examples : Install examples, usually source code
 + + nls      : Add Native Language Support (using gettext - GNU locale utilities)
 + + opengost : Устанавливает шрифт ГОСТ типа А наклонный из пакета media-fonts/opengostfont в качестве шрифта по умолчанию в gschem. Позволяет выполнять в gEDA документацию, соответствующую требованиям ЕСКД.
 - - stroke   : <unknown>
 + + threads  : Add threads support for various packages. Usually pthreads

>>> Просмотр (1367x842, 60 Kb)

Каким образом в вычислительных устройствах (АЛУ процессора) аппаратно реализован алгоритм умножения? В частности судя по http://www.sm.bmstu.ru/sm5/n4/oba/proz2.html для умножения используются сумматоры и двоичный сдвиг. Я придумал другой метод. Я через дешифраторы преобразовываю двоичную систему счисления в одноединичный код, потом ищу пересечения этих единичек для двух чисел, потом преобразовываю через дешифратор это в двоичную систему счисления. И т.к. умножение это коммутативная операция, схема несколько(почти в два раза) упрощается. Вот нарисовал в logisim http://dump.bitcheese.net/files/umucuby/upd_2.circ и в виде картинки http://dump.bitcheese.net/images/aditoso/sc.png
Имеет ли смысл использовать подобное решение вместо привычного подхода с сумматорами(лучше или хуже оно)? Используется ли подобный подход в процессорах? Если у кого есть опыт с программированием FPGA через verilog/VHDL, имеет ли смысл подобное реализовывать в софт-микропроцессорах? И да, есть ли в Verilog или VHDL cредства для кодогенерации того, что я тут изобразил, для произвольной разрядности чисел? Или надо для таких случаев свой кодогенератор писать? Кастану пожалуй yax123, он вроде что-то на спартанах там делает

В минувшие выходные состоялся очередной релиз open-source (GPLv3) электромагнитного симулятора openEMS-v0.0.33. Его разрабатывает один человек — Thorsten Liebig (Германия, Университет Дуйсбург-Эссен). OpenEMS позволяет проводить следующие виды расчётов:

• Расчёт электромагнитного поля (электродинамика) методом FDTD (метод конечных разностей во временной области).
• Расчёт S-параметров электромагнитных систем.
• Расчёт электромагнитного поля в ближней и дальней зоне.
• Расчёт диаграмм направленности антенн.

В отличие от проприетарных аналогов симулятор не имеет собственного графического интерфейса, а вместо этого встраивается в Octave или Matlab. Задание на моделирование является скриптом Matlab/Octave, а визуализация результатов также осуществляется средствами Octave или Paraview.

Нововведения версии v0.0.33:

• Система сборки полностью переведена на CMake.
• Произведена оптимизация препроцессинга больших объектов.
• Улучшена реализация синусоидального источника сигнала возбуждения.

( читать дальше... )

>>> Сайт проекта

Не нашел нормальной панели для х-монады, в итоге взял дзен2 в качестве бекэнда для рендеренга (по ходу дела нашел 2 бага, пофиксил их но похоже его никто не поддерживает, уже больше года висит PR), добавил самописных виджетов. На первом робочем столе флоутинг лейаут для скайпа и прочих мессанджеров. Все иконки из шрифтов и реагируют на клики. На скрине емакс с частью конфига х-монады. Железяка макбук-про-ретина.

>>> Просмотр (2560x1600, 595 Kb)

Кто чем пользуется для программирования на Си и Си++ в Emacs? Из «серьезных» (основанных на реальном компиляторе) средств я пока нашел irony-mode и emacs-ycmd (с YouCompleteMe под капотом). Есть у кого-нибудь опыт их использования? А GNU Global?

Давайте сравним производительность различных процессоров не с помощью ангажированных производителями непонятных бенчмарков, а используя старый добрый openssl (в особенности интересно сравнить аналогичные процессоры Intel и AMD).

Итак, для того, чтобы поучаствовать в сравнении, нужно выложить сюда выхлоп команды

cat /proc/cpuinfo|sed -rn 's/.*el na.*: //p'|uniq -c; openssl speed md5 -multi `cat /proc/cpuinfo|grep 'el na'|wc -l` 2>&1|grep ^md5

Дополнение: в результате получаются количества хэшей md5 (точнее, их суммарные длины в байтах), которые процессор может посчитать за секунду для блоков следующих длин:

16 bytes     64 bytes    256 bytes   1024 bytes   8192 bytes

Update: TL;DR, результаты можно посмотреть тут

После прочтения поста вспомнил свои прошлогодние затеи с раскрашиванием терминалов. Заново прочитал это и это, немного перепелил вывод скрипта под себя.

Скрипт автоматом генерирует цветовую схему для терминалов и GTK2/3, настроен под тёмную гамму. Я использую для этих наркоманств угловатую тему Mist, но вы можете перепилить под ту же более симпатичную и аккуратную oomox, сделать опцию для светлого оформления и терминалов (или, если хотите, я могу).

( Ну и как работает твоя развалюха? )

Скрипт

Mist-Colorized

PNG

>>> Просмотр (2715x1207, 1342 Kb)

Хочу поделиться своим маленьким, но IMHO полезным, хаком.

Т.к. мне часто приходится коннектиться к куче разных хостов (и часто одновременно), то в одноцветных терминалах порой очень быстро начинаешь путаться. Захотелось их как-то разукрасить.

Можно было бы, конечно, использовать маленький скриптик-обёртку и случайные цвета, но мне так совсем не нравится: хотелось, что бы у каждого хоста был свой собственный определённый цвет, особенно, когда коннектишся туда из двух разных терминалов — так гораздо проще терминалы визуально ассоциировать с хостами. (Видно на скриншоте на левом мониторе в центре, всё остальное разные хосты.) А так же хотелось, что бы просто работало, без лишних комманд-обёрток.

Так появилась эта маленькая поделка, вычисляющая цветовые параметры для xterm исходя из его параметров (конкретно использован CRC24 и tint/shade для fg/bg). К этому ещё маленький патч к uxterm и command term uxterm в ~/.cwmrc (если этого ещё нет). И вуаля, всё так, как хотелось. ;)

Всё это прозрачно работает с cwm (описание), где есть встроенный shortcut для коннекта по ssh: Meta-Dot, с подсказкой из ~/.ssh/known_hosts — очень удобно! Для этого, правда, надо отключить беcтолковое HashKnownHosts в конфиге ssh, иначе подсказка, конечно, работать не будет.

PS: Это уже многие годы моё рабочее, проверенное временем, окружение — ничего лишнего, никаких красивостей, только чистый функционал.

UPD: для cwm я таки запилил свой собственный форк — так, что бы без обойтись лишних патчей. Буду пытаться пропихнуть в upstream. ;) Может и в самом деле wm для админов выйдет.

>>> Просмотр (3840x1200, 527 Kb)