Мне надо организовать, обработать и анализировать пару тысяч химичиских структур из PDB (все молекулы содержащие HETATM). Сначала думал организовывать всю работу при помощи текстовых файлов и директорий, но понял, что гораздо умнее организовать это дело при помощи базы данных. Проблема в том, что в принципе, в базах данных я - ни в зуб ногой. Как я понимаю, к любой конвенциональной БД можно прицепить перл/С/?? программы для вытаскивания данных, обработки, и записи новой информации. (Очень важен удобный доступ к координатам всех молекул).

На что еще стоит смотреть при выборе БД? Что читать?

Есть ли у кого-то из вас готовая БД, с готовымы таблицами и данными, которая содержит информацию о молекулах, включая координаты? Поделитесь примерами

>>>

дана некоторая функция f (t, p_1, p_i2, ...p_n ). i - где t - время, а p_X - параметры (обозначим их вектором P). Функция описывает поведение некоторой системы. Путем научного втыка, мы определили параметры для m (m ~ 10 - 20) систем (т. е. имеем m разных векторов P).

Очень хочется посмотреть как будет выглядеть динамика намного большего количества систем (скажем 10*m). Для этой цели требуется создать множество новых векторов P, "похожих" на оригинальных. Вопрос - как? Если парами слов не описать, то подскажите что почитать (я не математик, так что поосторожней с чтивом).

Спасибо

>>>

Мой папа (~70 лет) захотел присоеденится к компьютерам "и всему такому прочему".

Английский - ни в зуб ногой

Надо:

1. программа с легким русским фейсом для организации фотографий. Желательно, потдерживающия тэги и поиски по ним (я использую gqview, но тэгов в ней нет)

2. простая в понимании русская документация Гимпа

Как всегда, я ищу коментарии основанные на личном опыте, или опыте знакомых.

Спасибо

>>>

Подскажите программу для игры в русские шашки.

>>>

Фирма в которой я работаю решила сделать порядок в пару сотен (тысяч) документов (в основном - PDF файлы с научными статьями, DOC файлы внутренней документации).

Требования:

1. open source (просто бесплатно - сойдет тоже)

2. возможность комерческой потдержки

3. удобная и гибкая система мета-данных

4. поиск по полям мета-данных и по тексту в файлах (full text search)

5. удобство в пользовании и администрации

Я смотрел на http://www.openkm.com/ и http://www.knowledgetree.com/ . Последний, вроде, понравился больше. Хочется услышать коментарии по поводу данного вопроса: личный опыт, советы, плюсы-минусы систем и т.п.

Спасибо

>>>

Готовлю доклад для научной конференции. Готовлю "презентацию" (как-же без неё, любимой). Презентация: текст, немного графиков, демонстрация структур в PyMol-е (типа http://pymol.sourceforge.net/pmimag/sel3.html). Аудитория - человек 150 -- 300. Контроля над освесчением не предвидится. Наткнулся на принципиальный вопрос: светлый фон + тёмные буквы или наоборот?

Ваши личные предпочтения?

>>>

http://www.topuniversities.com/worlduniversityrankings/results/2007/overall_r...

#128

>>>

Или я что-то не понял или одно из двух [(ц) - не я].

Написал питоновский модуль. Из интерактивного шелла сделал import, запустил функцию. Не понравилось. Отредактировал модуль. Как теперь перезагрузить модуль без покидания интерактивного шелла и не давая модулю нового имени?

>>>

Меня попросили сделать "социальный сайт". Список требований:

блоггинг

"друзъя"/группы интересов

возможность приклепления + сохранения файлов

категории пользователей: бесплатные, платные, "gold"

списки ссылок с тагами (а-ля del.icio.us)

плюсы:

АJAX-подобный интерфейс

Вроде движок ЖЖ подходит, но боюсь, что даже изменив внешний дезайн, look-n-feel останется ЖЖ-вский, а надо что-бы сайт воспринимался как можно более "новый", и "свежий".

Какие советы?

ПС.если всё пойдет, как надо, то со временем должны будут быть ~10-20 тысяч юзеров (блин, знаю что губу раскатал, но чем больше цель, тем легче в нее попасть :-) )

>>>

Есть два компьютера. Оба недоступны друг для друга из сети. Надо синхронизировать директорию. Дано, что изминения могут происходить только на одном из компьютеров. Синхронизация должна учитывать не только измененные и новые файлы, но и удаленные и передвинутые. Один вариант: флэшка - посредник плюс программа unison. Проблема в том, что директоря -- огромная и на флэшку не влезает. Использовать внешний комп для синхронизации низя в виду требований к секретности данных. Есть ли возможность делать что-то на подобие diff-а, который можно было-бы сохранить на небольшой флэшке и перенести на другой компьютер?

Спасибо

$SUBJ

адрес -- здесь http://www.linux.org.ru/whois.jsp?nick=phrm

Thanks

http://www.artlebedev.ru/kovodstvo/idioteka/2007/08/10/

Никак не могу опредилить команды типа softA и softB из нижеследующего примера, так, что-бы пробелы после слов и перед знаками припенания работали правильно. Результат компиляции примера виден здесь: http://img400.imageshack.us/img400/8396/27163646aq8.png
http://img400.imageshack.us/img400/8396/27163646aq8.png

\documentclass[a4paper,10pt]{article}
\begin{document}
\newcommand{\soft}[1]{\textsc{#1}}
\newcommand{\progA}{\soft{progA}}
\newcommand{\progB}{\soft{progB} { }}

Punctuation after \progA: works OK, but space after \progA is not. On the other hand, spaces after \progB work fine, but \progB's punctuation sucks. Strange, but spacing after \soft{soft} is ok, the punctuation is OK \soft{too}. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur \dots
\end{document}

$subj

The Bioinformatics Organization, Inc. (Bioinformatics.Org) is seeking an experienced programmer to contribute to the continuing development of an open-source, PHP-based analytical platform for bioinformatics.

Bioinformatics.Org is a US-based non-profit organization, but the intern may work from Israel, via the Internet.  The intern will be paid USD $25 per hour to a maximum of $6,000 (total number of hours is contingent upon funding and the number of interns).  This is a summertime project, and the intern must begin almost immediately.  The current phase of the project ends in mid-August.

The candidate should be at least a junior in college and have considerable experience with Apache, MySQL and PHP development.  No background in biology is required.

Please email your resume/curriculum vitae to jeff@bioinformatics.org.

Стоит задача: оптимизировать проблему при помощи генетического алгоритма в матлабе. Как я понимаю из документации, данный алгоритм реализован так, что началные значения и распределение (distribution) рандомальных изминений (мутаций) предполагают приблизительно одинаковый диапазон значений всех переменных (степеней свободы).
Проблема в том, что задача задана при помощи 4-х переменных, три из которых обычно принимают значения от 1 до ~10-20, а одна переменная - от 4000 до ~15000. Как лучше всего привести значения четвертой переменной к диапазону 1-20?

Самый простой способ - делить на 4000. Но в этом случае диапазон получится слишком узким.

Значит делаем так:

> function f = factor (value, k, v)
> max1=(max(v)/max(k));
> min1=(min(v)/min(k));
> d= (value - min(v))/(max(v)-min(v));
> f=min1+(max1-min1)*d;
> end

value - значение, которое надо подогнать к диапазону
k - вектор возможных значений переменной с диапазоном 1-20
v - вектор возможных значений переменной с диапазоном 4000 - 15000
функция возвращает фактор на который надо множить value

Упустил ли я что-то? Есть ли способы лучше?

Спасибо

У меня полетел блок питания моего thinkpad-а (R50e) есть возможность купить новый оригинальный, или "универсальный", который стоит процентов на 30-35 дешевле, чем оригинальный. Чем это черевато?

Помогите, пожалуйста.

Даны два тела, которые заданы множеством точек на поверхности (плотность точек на кв. метр - известна). (см. картинки А и Б: http://img54.imageshack.us/img54/3931/bluesm0.png ). Как вычислить объём, занятый одновременно двумя телами? (картинка Ц)

Спасибо

Как в латехе изобразить такое: http://img251.imageshack.us/my.php?image=reactionpu1.jpg

(т.е. две стрелки с надписями над и под ними)

Существует множество программ, в которых множество клиентов общаются с центральной базой данных. Обычно, выбор базы данных (mysql, oracle, sql...) - за клиентом. Один пример такой программы - bugzilla. Как я понимаю, на сервере, между клиентом и самой базой данных есть оболочка, которая переводит запросы клиента в запросы, соответсвующие данной базе. До сих пор - всё понятно (если не ошибаюсь).

Багзилла - программа свободная, а бывают программы платные, в которых идет оплата по количеству юзеров (на пример: http://www.fogcreek.com/FogBugz/). В этом случае, контроль количества юзеров обеспечивается программой-оболочкой. Если доступ к базе данных есть, что мешает сторонней программе обратиться к ней (базе данных) в обход оригинальной оболочки, и подать данные клиенту? Достигается-ли защита шифрованием данных, так, что их обработка на сервере возможна только "правильной" программой, или-же существуют другие стратегии защиты?

(П.С: вопрос задан с целью пополнить комп. грамотность. Я не собираюсь ни писать не взламывать программы)