Получается есть два конфига:
1. /etc/postgresql/9.3/main/postgresql.conf
2. /var/lib/postgresql/data/postgresql.conf

При запуске системы (и service postgres start) конфигурация берется из первого источника.

А при запуски типа:
pg_ctl start -D /var/lib/postgresql/data
Берется второй файл конфигурации, из папки кластера, собственно он то и нужен.

Как сделать чтобы при автозапуске (или через service, ../init.d/..) брался нужны файл конфигурации, а не из etc?