Два источника для avfilter @ ffmpeg
Как завести два источника данных для фильтр-графа по схеме VV->V?
Нужна программная реализация vf_overlay, но подойдет и общий случай.
Я так понимаю что там нужно использовать связанные списки, но на деле одна лишь путаница, усиливаемая stderr'ными сообщениями от avfilter.