После выполнения простой команды

convert source.pdf output.pdf

изображение output.pdf меняет структуру CMYK. В source.pdf черный канал был в одном цвете, а в output.pdf - в нескольких цветах.

в Photoshop это продемострировать можно так:

source.pdf. Если отключить черный канал, то весь черный цвет на изображении пропадает. http://joxi.ru/vAWl4ajcOJ5kdr

output.pdf. А здесь, если отключить черный канал, весь текст остается в других цветах. http://joxi.ru/KAgYk4jFKpyE6m

P.S. Не обращайте внимания на разрешения изображения output.pdf. Это к теме не относится.

Буду благодарен за помощь!