Официальная статья на странице проекта Replicant неполная, пропущены вещи без которых перепрошитый аппарат не будет работать.

Для установки свободной прошивки от проекта Replicant на смартфон Galaxy Note II (GT-N7100) надо:

1. зайти на страницу загрузки и скачать подходящие файлы recovery и bootloader. Так как на официальном сайте Replicant есть только recovery, то в качестве bootloader был использован twrp (лучше использовать версию twrp для Европы, версия для Азии у меня не сработала);
2. перевести смартфон в режим загрузки прошивки --- для этого надо при включении зажать кнопки понижения громкости и физическую кнопку ниже экрана смартфона. После этого при появлении предупреждения для продолжения нажать кнопку повышения громкости;
3. подключить смартфон к компьютеру через usb-провод;
4. прошить recovery и bootloader на смартфон. Я использовал heimdall:

   heimdall flash --BOOT path/to/twrp-3.7.0_9-0-n7100.img --RECOVERY path/to/recovery-n7100.img
   

   Перед установкой прошивки надо произвести сброс данных, но без удаления пользовательских данных.
5. подождать, пока смартфон сам загрузится в bootloader;
6. скачать свободную прошивку Replicant на странице загрузки. Я использовал replicant-6.0-0004-transition-n7100.zip. Это важно, потому что последний архив Replicant версии 6 поломан и не установится на смартфон;
7. сбросить свободную прошивку Replicant на смартфон. Я использовал для этого simple-mtpfs;
8. выбрать в меню recovery-установку и в меню установки выбрать zip-архив c свободной прошивкой Replicant;
9. подождать завершения установки Replicant на смартфон Galaxy Note II (GT-N7100).

После установки SIM-карты мобильная связь и интернет работают. F-Droid(или любого другого магазина приложений) по умолчанию нет. Так что приложения надо будет либо ставить вручную, либо поставить самому F-Droid и уже устанавливать оттуда.