В .bashrc прописан кастомный шелл, который запускается, если интерактивная сессия. Шелл запускается таким образом:
case $- in
*i*)
[ -x /path/shell] && exec /path/shell
...
Проблема проявляется только на «физических» консолях, через ssh, например, всё хорошо. В debian 9 всё работало. После перехода на 10 оказалось, что этот шелл и всё, что угодно интерактивное на его месте, будучи запущено через exec, падает после первого нажатия клавиши, strace указывает i/o error при доступе к stdin. Если запускать без exec, всё хорошо, но это несколько не то, что надо. Куда смотреть — неясно.