Прикладная программа - эта такая, которую пользователь поставил руками. Такая программа не нужна никаким другим программам как правило (зато использует другие пакеты).
по-другому можно сказать, что хочется получить минимальный список пакетов, которые нужно установить, чтобы полуилась такая же система, как существующая.
aptitude search '~i!~M'
dpkg --get-selections
не предлагать, потому что они выдают среди пакетов такие, которые можно в следующий раз вручную не ставить, они будут поставлены вместе с другими программами.