Apt основан на dpkg, вот и всё. Разницу вы можете увидеть, запустив apt-get (auto)remove, aptitude (auto)remove и dpkg -r. В данном случае dpkg не следит за зависимостями, а делает только одну задачу – удаляет пакет.
Для удаления пакета вместе с его конфигами в системе используется команда purge, при этом конфиги в домашних каталогах пользователей остаются на месте.