проблемы с сетью, похоже на mtu

Что за шлюз?

Если linux, то добавляют правило в iptables

iptables -I FORWARD -p tcp --tcp-flags SYN,RST SYN -j TCPMSS --clamp-mss-to-pmtu

http://www.opennet.ru/base/net/pppoe_mtu.txt.html

Почему до 5000? Большие пинги не проходят или не пробовали?

Чтобы работал pmtu нужно чтобы ходили icmp-пакеты ″Fragmentation Needed and Don't Fragment was Set″. Попробуйте сделать такой пинг:

ping -n -c 3 -M do -s 1470 

Ещё может быть вариант, что сам тунель или физическое оборудование плохо относится к нескольким пакетам, передаваемым подряд, ping обычно шлёт пакеты через паузы, попробуйте:

ping -n -c 51 -l 50 -s 1200 -S 65000

добавление

iptables -I FORWARD -p tcp --tcp-flags SYN,RST SYN -j TCPMSS --clamp-mss-to-pmtu 

в ifconfige у интерфейса mtu 1380

 
ping -n -c 3 -M do -s 1315 host
PING host (172.16.40.20) 1315(1343) bytes of data.
ping: local error: Message too long, mtu=1342
ping: local error: Message too long, mtu=1342

ping -n -c 3 -M do -s 1314 host
PING host (172.16.40.20) 1314(1342) bytes of data.
1322 bytes from 172.16.40.20: icmp_seq=1 ttl=62 time=28.9 ms
1322 bytes from 172.16.40.20: icmp_seq=2 ttl=62 time=28.6 ms

pptp в Линуксах когда-то имел свойство падать от больших нагрузок при включенном шифровании.

Вместо ″--clamp-mss-to-pmtu″ можно пробовать ″--set-mss 1300″ или ещё ниже, допустим 800.