Получение SQL-файла

поробуй mysql_upgrade

Похоже он удалил скопированную папку.

Как мне из этой базы получить SQL-файл?

Если InnoDB, то ты огребешь немало геморроя. Мне в свое время помогала замена файлов в чистой установке mysql
Если MyISAM, то там вроде как RAW data в них, никаких проблем

http://adw0rd.com/2009/7/2/recovery-innodb/

Запусти mysqld прямо с карточки из чрута с помощью qemu. И сделай с него дамп.

Не работал раньше с Qemu, можете объяснить подробнее?

По факту никаких проблем, если вся директория доступна.

https://wiki.debian.org/QemuUserEmulation

Полезно иметь в виду что инфа в файлах лежит в архитектурно-специфичном виде (little-endian/big-endian), так-что при переносе файлов на комп с другой архитектурой возможны траблы с этим.

Вот похоже они и возникают, т.к. не могу запустить сервер после полного копирования папки /var/lib/mysql.

mysqldump уже поздно запускать :) его надо было раньше запускать, в штатных условиях :)

Полезно иметь в виду что инфа в файлах лежит в архитектурно-специфичном виде (little-endian/big-endian), так-что при переносе файлов на комп с другой архитектурой возможны траблы с этим.

Qemu может решить эту проблему =).

Кроме /var/lib/mysql/dbname надо еще копировать /var/lib/mysql/mysql, где содержится служебная информация о бд.