id_rsa.pub — публичный rsa-ключ, генерируемый ssh-keygen, так вот речь о нём: безопасно ли размещать его на каком-нибудь github, аки dotfiles, на доступ всем?
вообще, вы как, на каждый сервер генерируете новый ключ? а потом в ~/.ssh/config добавляете каждый сервер? или вы используете один единственный id_rsa для всех серверов? как делать лучше? вангую, что лучше для каждого сервера свой ключ ибо если скомпроментируют один — под раздачу не попали другие сервера.