Ищу софтину для сравнения базовой системы с изменениями

Overlayfs очень похоже на то, что ты ищешь.

спасибо, однако почитав описание этого overlayfs не понял каким боком оно вообще относится к моей задаче...

rsync и файловые снепшоты?

Изначальное состояние корневого раздела используешь как нижний слой, а в верхнем слое собираются изменения. Если хочется текущее состояние зафиксировать, делаешь из него ещё один слой, а для верхнего заводишь ещё одну директорию.

Я это никогда не пробовал, но хайв-майд считает, что норм. У Docker'а вроде есть такой бекенд.

конечно, я могу сделать git init в корне, но это может иметь свои странные последствия, ибо git не для того предназначен.

ну можно, только .gitignore придётся обмазываться во все субдиректории

ещё по аналогии с aufs для генты с livecd, посмотри как там сделано. тоже тащем-то overlayfs и squash.image.tar.xz из файловой системы + оверлея делается автоматом.

Для /etc есть etckeeper

The etckeeper program is a tool to let /etc be stored in a git, mercurial, bzr or darcs repository.

Возможно, не к месту, но лучше использовать какую-нибудь систему управления конфигурацией (ansible, chef, puppet, но лучше ansible - он проще). Тогда не будет проблем с переездом и конфигурацию можно хранить в git'е. Версии необходимого софта можно там же прибить гвоздями (но не стоит забывать про security fix'ы).

Альтернативно (и, имхо, более правильно), можно сделать docker/systemd-nspawn/rkt-контейнеры с нужным софтом и переезжать контейнерами - это ещё удобнее. Контейнеры поднимать тем же ansible.

Общий совет на будущее - не настраивай серверы руками, всё что можно автоматизировать должно быть автоматизировано и инструментов сейчас для этого пруд пруди :) Написание плейбука для ansible скорее всего даже займёт меньше времени нежели руками всё настраивать (но это при условии что ты знаешь как и что настраивать, а не экспериментируешь)

спасибо за равернутый пост! :)

не знаю есть ли смысл юзать etckeeper, т.к. в /etc/ бывают как конфиг файлы, которые я правлю, так и файлы, которые обновятся благодаря upgrade процессу

за систему управления конфигурацией спасибо, обязательно посмотрю :)

докер, системд, ркт контейнеры мне не подходят, т.к. я использую freebsd в качестве севера. Да, я обычно осуществляю пеерезд freebsd-jail-ами, но тут случилось так, что нужен перенос хост системы

Я так для каждого изменяемого конфига сразу же рядом делаю копию оригинала, чтобы было удобно смотреть дифф.
И в доку записываю порядок выполнения команд примерно как тут:
http://www.server-world.info/en/note?os=CentOS_7&p=mail&f=6

diff -ur

Aide