Spamassassin, уменьшить score для ответов на отправленное письмо.

Посмотрел наискосок, вроде не нашел прямо полностью того что вы хотите.
Однако при беглом просмотре он это учитывает в разных правилах, т.е. дополнительные оценки не будут выставлены если это ответы.
Итого:
1. Смотрел поверхностно, может и есть из каробки правило, но я не нашел.
2. Если пункт1 неверный, можно свое написать или возможно уже кто-то написал.

Если ответить на вопрос, чем отличается письмо, содержащее ответ, от прочих писем, будет легче найти решение.

У sa уже есть шаблоны которые используются, но вроде нет готового score, см. мой ответ выше. Это References и In-Reply-To.

Смысл затеи в том, что бы не просто реагировать на некие заголовки, те же References и In-Reply-Tо, а их хранение в течении какого-то периода, для проверки действительности факта ответа на эти сообщения. Так же, например, можно бы было хранить кем и кому было отослано сообщение и при обратном сообщении (даже если это не ответ), для письма подписанного DKIM-ом ставить сразу score -50.

Из коробки хранения информации об отправленных письмах нет, кажется.

Если число получателей постоянно и невелико, можно учитывать, как они пишутся во From.

Спам с хорошим дкимом бывает, -50 это, кажется, нехорошо будет.

Не знаю, как у кого, но сейчас добро есть банить вредоносные диапазоны адресов. Их не очень много.

Спам с хорошим дкимом бывает, -50 это, кажется, нехорошо будет.

Это-то конечно, с левыми доменами, которые спамеры по накупали, типа abvgdezdgdgd.ru и подписывают свои сообщения. А вот с тех e-mail с которыми идёт переписка, DKIM скажет, что это не Вася подставил «правильный» заголовок from, а действительно пришло письмо от того, кому мы до этого его отправляли, поэтому я бы его адресату автоматически пропускал.

sa проверяет конкретное письмо, и основывается только на том что в нем. Имхо тут скорее надо что-то свое прикручивать (milter ?) и вызывать (в зависимости от того кто и как вызывает sa) после проверки sa и менять score.