Прокси в AltLinux

/etc/apt/apt.conf туда указывать Acquire::http:: Acquire::ftp:: Acquire::rsync:: и т.д.

Пишем в /etc/profile

При таких запросах - только в iptables. В любом другом случае чтение переменной PROXY (или http_proxy, не помню) будет зависеть только от приложений.