Получение конфигурации с tftp.

xorg-server должен сам корректно автоматически определять допустимые режимы работы монитора и выставлять оптимальное разрешение. Если он это сделать не может - значит, скорее всего, проблема в получении EDID от монитора. Возможно, виной всему переходник DVI <-> D-SUB, проводе, ну либо в принципе мониторе.

Если разрешение у всех клиентов одинаковое, то можно сгенерировать xorg.conf и прописать его. Но тут будут нюансы с драйвером видео адаптера, если он не один у всех, не знаю, возможно есть способ не указывать жёстко драйвер или пропустить секцию с описанием видео адаптера.

Если выставить всем одни параметры, разрешение и драйвер, нельзя, то тут придётся писать скрипты, которые в зависимости, скажем, от mac адреса будут подкладывать соответствующий xorg.conf.

Либо можно в лоб сделать несколько корневых систем и в pxelinux.cfg в конфигурационном файле с привязкой к mac адресу указывать соответствующий корень.

Ну либо делать всё в одно корне, а уже там подкладывать соответствующий xorg.conf. Но в данном случае нужно использовать файловую систему AUFS или UNIONFS для монтирования корня, что бы изменённый конфигурационный файл писался на tmpfs, а остальная часть корневой файловой системы была доступна на чтение. Хотя в реализации тонкого клиента и так должно быть это сделано.

посмотри как организованно в thinstation, где клиент берёт групповые или постанционные конфиги используя tftp|scp|wget и как применяет их
конкретнее в packages/base/etc/init.d/network_files