Nginx+Apache2+Mysql.
Наблюдаю иногда вот такую картину (как на скрине ссылкой ниже). Видно что все ресурсы забиваются I/O апача. Такие всплески рандомны. Длятся около 5-10 минут. При этом поситителей на сайте не так уж и много.
DDoS маловероятен, так как всего по 5-10 минут идут всплески. Логи апача тоже пусты на это время. Дисковая подсистема состоит из softRAID 10 из 4 NVMe так что производительности должно хватать.
Что может быть?
Скрин из htop: http://images.vfl.ru/ii/1515409977/0e5817c7/20061240.png