Массовое переименовывание

rename 's/%20/_/g' *

Не переименовывает!

у тебя может быть другой rename
man rename

$ touch 'aaa%20bbb%20ccc'
$ rename 's/%20/_/g' aaa*
$ ls -l aaa*
-rw-r--r--  1 trali vali 0 Jun 19 09:36 aaa_bbb_ccc
______________________________________________________

$ ls -l kuku/
-rw-r--r--  1 trali vali 0 Jun 19 09:45 aaa%20bbb%20ccc
-rw-r--r--  1 trali vali 0 Jun 19 09:45 aaa%20bbb%20ddd
-rw-r--r--  1 trali vali 0 Jun 19 09:45 aaa%20bbb%20eee

$ find kuku/ -type f -printf "mv %p \`echo %p | sed 's/%%20/_/g'\`\n" | sh

$ ls -l kuku/
-rw-r--r--  1 trali vali 0 Jun 19 09:45 aaa_bbb_ccc
-rw-r--r--  1 trali vali 0 Jun 19 09:45 aaa_bbb_ddd
-rw-r--r--  1 trali vali 0 Jun 19 09:45 aaa_bbb_eee

там наверно скобки некошерные малину портят

Wiley%20-%20Linux%20Troubleshooting%20Bible%20(2004).chm Wiley%20-%20Red%20Hat%20Linux%209%20Professional%20Secrets%20%5B2003%5D.chm Wiley%20-%20Redhat%20Linux%20Bible%20Fedora%20and%20Enterprise%20Edition%20(2003 ).pdf Wiley%20Linux%20Troubleshooting%20Bible.chm Wiley.Publishing.SUSE.LINUX.9.Bible.pdf Wrox%20Press.%20-%20Beginning%20Red%20Hat%20Linux%209.pdf art%20of%20unix%20programming%202003.pdf

Эти два способа никак не повлияли!

Да, так и есть, скобки мешают.

Никак не могу понять что за скобки то?

Wiley%20-%20Linux%20Troubleshooting%20Bible%20(2004).chm
                                             ^^^^^^^^ скобки

тоже мне проблема... ;)
proxy $ ls
Wiley%20-%20Linux%20Troubleshooting%20Bible%20(2004).chm
proxy $ find . -type f -printf "mv '%p' \`echo '%p' | sed 's/%%20/_/g'\`\n" | sh
proxy $ ls
Wiley_-_Linux_Troubleshooting_Bible_(2004).chm
proxy $

Странно, что никто не вспомнил KRename ;)

Странно, что никто не вспомнил find.

Неужели?