Куда девались логи?

Единственное что могу сказать - если ты в системе ничего не изменял это еще не значит что никто другой этого не сделал :)

Гм... У меня наружу только апач и бинд.

Этого хватит. Чекай рпм-пакеты "rpm -V `rpm -qf /bin/*|sort|uniq`".
(Если у тебя РедХат, конечно.) И так на всех бинари каталогах:
/bin, /sbin, /usr/bin, /usr/sbin. Особо обрати внимание на
/bin/netstat, /bin/ls, /usr/bin/find, /bin/ps. А также посмотри в
дир /dev и /usr/src, нет ли там чего лишнего.