Сейчас столкнулся с проблемой, что если между начальной копией файла, и его последней версией накапливается большая разница, время создания diff-а, начинает расти, при чем очень не приятно.
Из узких мест вижу что расчеты выполняются в один поток, но как распараллелить эти вычисления, rdiff вроде такого не умеет.