Crontab и переменный

cron сбрасывает переменные окружения. Сравни вывод env от пользователя, и от cron job от этого пользователя.

Перенаправь не только stdout но и stderr

/path/to/cron/command [command-args ...] >> /path/to/logfile 2>&1

Спс. Совсем не подумал об stderr. Отладил за пару минут и вопрос решен. Нужно было в скрипте полный путь к конфигу указывать, а то крон не понимал где его искать