Как скопировать рекурсивно данные?

scp, rsync, ftp

rsync example.com:/src /dst

порт отличный о дефолтного указывается в конфиге ssh (~/.ssh/config)

Не буду оригинальным, но rsync.

множество папок директорий с другими папками

Штирлиц никогда не был так близок к провалу

Побуду оригинальным: примонтируй свои сервера в гуи любимого файлового менеджера по sftp, после чего таскай мышкой свои папочки между ними как угодно

1) Сначала надо создать на «другом сервере» директорию, куда будет всё сложено, назовём её «/путь/куда/там/положить»

2) затем - три варианта

Если хочешь скопировать с локального сервера на другой, доступный по ssh:

tar -c [-z] -f - /путь/к/файлам | ssh user@drugoi.server "tar -x [-z] -f - -C /путь/куда/там/положить"

Если ты уже на «другом сервере», может залогиниться по ssh на первый, то так:

ssh user@pervii.server "tar -c [-z] -f - /путь/к/файлам" | tar -x [-z] -f - -C /путь/куда/там/положить

Ну и если ты не хочешь логиниться между серверами, но можешь залогиниться на оба со своего компа, то так:

ssh user@pervii.server "tar -c [-z] -f - /путь/к/файлам" | ssh user@drugoi.server "tar -x [-z] -f - -C /путь/куда/там/положить"

Но в последнем случае надо чтобы хоть один из них логнился без пароля (по ключу), иначеоба захотят спросить пароль одновременно в одной и той же консоли, наверно из этого ничего не выйдет.