А она вроде будет ставится на первый имеющийся FAT-раздел... Да и диски она из биоса определяет, а не сама, так что достаточно первый диск в биосе отключить.
Какой винт будет выбран bios'е для загрузки, тот и будет 0x80 --- первый жесткий диск по данным bios. Поэтому если 98 поставить на второй винт, и bios'ом грузиться с него, проблемм не будет. То есть рекомендую на второй винт поставить win98 и загрузчик линукса, в bios указать boot drive d: (HDD-1).