Если кому-то интересно, то нашлось простое решение проблемы работы 1С и Samba NT-domain server.
в дистрибутиве RedHat 7.2 стоит Samba 2.2.1a, а у нее наметились определенные глюки с блокированием данных. ставим 2.2.5 (вроде бы последний) и все прет как надо быть, только надо не забыть отключить блокировку (locking = no) в конфе и все ОК