/etc/init.d/rc.local не запускается

Стоит network-manager.

Здесь, подозреваю, и порылась собака. Если NM используется для управления этим интерфейсом (eth3) и запускается после /etc/init.d/rc.local, то он может оные настройки сбросить. Если же NM не используется, то рекомендую удалить его и настроить сеть через /etc/network/interfaces (там, кстати, есть параметр mtu, поэтому данный скрипт будет не нужен). Если NM позарез нужен, то необходимо препарировать именно его: у него, AFAIR, mtu тоже настраивается, и даже есть ручки, чтобы повесить на события скрипты.

И вообще, если нужно что-то нетривиальное для работы с сетью (в данном случае — тривиальное), то нужно использовать /etc/network/if-{up,down}.d/, по необходимости.

С мту разобрался, оказывается в свойствах соединения в нм можно значение mtu задать.

#!/bin/bash -e

там наверное стоит в начале? или
set -e
?

если внутри самого скрипта что-то выполнится с кодом ошибки, а такое достаточно часто бывает, то скрипт будет прерван,
исправьте на просто

#!/bin/bash

или уберите set -e

там наверное стоит в начале?

Да, именно #!/bin/bash -e

Как понадобится в след раз rc.local попробую исправить, а пока НМ все проблемы решил. Всем спасибо