Нужно дать доступ пользователю только к необходимым директориям сервера.
То есть, например, имеется следующее дерево каталогов
/var/ftp/1
/var/ftp/1/1/
/var/ftp/1/2/
/var/ftp/1/file1
/var/ftp/2/
/var/ftp/2/1/
/var/ftp/2/2/
/var/ftp/2/file2
Если user1 делает ls 1/ - видит 1/2/, но не видит 1/1/.
А для пользователя user2 открыть только к /var/ftp/1/1/ и /var/ftp/2/.
ls 1/ - видно только 1/1/, 1/2/ - не видно. ls 2/ - видно все внутри 2/.
Директории и файлы в /var/ftp/1 и в /var/ftp/2 могут добавляться и удаляться, а доступ у пользователей меняться при этом не должен.
Надеюсь, идея понятна.
