Помогите с настройкой phpMyadmin

$cfg['Servers'][$i]['AllowRoot'] = FALSE;

Сделал так $cfg['Servers'][$i]['AllowRoot'] = FALSE; $cfg['Servers'][$i]['AllowAdmin'] = FALSE; рута не пускает, а вот под admin заходит :(

А зачем вам в системе и root, и его заменитель под другим именем?
Как вы, надеюсь, понимаете, опция AllowRoot является уникальной и позволяет запретить только пользователя root, поскольку так зашито в коде. Это не задача phpMyAdmin - ограничивать вход пользователей, кроме администратора.

Значит проще админа вообще удалить? И пользоваться только рутом?

Если у них идентичные привелегии - то да.