ipt-netflow на пару-тройку _порядков_ менее прожорлив решений серез libpcap.
Это раз. А два - это почему решения для iptables не годятся в качестве ids ?
Последний мой опыт с softflowd показал, что он не делит входящий и выходящий трафик - так что в первом приближении я бы не рекомендовал. Правда, это было на FreeBSD и, дополнительно, я могу не уметь его готовить (хотя в настройках вроде нет ничего такого на тему направления трафика).
ipt_netflow естественно быстрее чем libpcap в юзерспейсе, но ведь не весь трафик попадет в iptables, для бескомпромиссной IDS это не приемлемо.
Поэтому если нужно анализировать только проходящий трафик ipt_netflow пока лучшее что есть, в противном случе надо смотреть на pcap и стоит попробовать вышеупомянутый flowd