NFS или SMB

по моему опыту могу сказать,сто виндовые nfs-клиенты практически все страдают рядом непонятных глюков в части прав доступа, времени модификации/доступа и тд. поэтому если будет не только линукс , наверное лучше smb . ну или готовься к потенциальным глюкам.

IMHO SMB, даже если будут только машины под линух, а так по месту.

для файлового обмена заюзай лучше почту

FTP

NFS сохраняет unix-атрибуты файлов, а SMB нет. Для сохранения этих атрибутов все придется выкладывать в архивах, это - геморой. Юзай лучше NFS. или ssh file system ( шутка ).