Система вешается при работе с файлами по сети

Для лечения проблемы в нормальных системах всегда помогают логи.

Я же говорил, Необходимую информацию предоставлю. логи чего нужны?

Системы, конечно. Для начала dmesg и анализ /var/log/

Из подозрительного в dmesg

BUG: soft lockup detected on CPU#0!
 [<c04410a5>] softlockup_tick+0x95/0xa6
 [<c04239a4>] update_process_times+0x33/0x55
 [<c04067b1>] timer_interrupt+0x63/0x95
 [<c0441129>] handle_IRQ_event+0x1a/0x3f
 [<c04424a3>] handle_edge_irq+0xba/0xfa
 [<c04423e9>] handle_edge_irq+0x0/0xfa
 [<c0405d2a>] do_IRQ+0xb4/0xde
 [<c040463f>] common_interrupt+0x23/0x28
 [<f8e765ae>] ipt_do_table+0xa2/0x2d7 [ip_tables]
 [<c05c6cfc>] ip_route_input+0x36/0xc20
 [<c05c3b08>] nf_iterate+0x38/0x6a
 [<c05c3b87>] nf_hook_slow+0x4d/0xb5
 [<c05c8926>] ip_local_deliver_finish+0x0/0x18b
 [<c05c8b23>] ip_local_deliver+0x72/0x20a
 [<c05c8926>] ip_local_deliver_finish+0x0/0x18b
 [<c05c906b>] ip_rcv+0x3b0/0x3dd
 [<c05c8727>] ip_rcv_finish+0x0/0x1ff
 [<c05af5a7>] netif_receive_skb+0x31e/0x33c
 [<f8c369dc>] rtl8139_poll+0x2ae/0x3e1 [8139too]
 [<c060aa25>] _spin_unlock_irq+0x5/0x7
 [<c05adc1d>] net_rx_action+0x78/0x14c
 [<c04209fc>] __do_softirq+0x35/0x73
 [<c0405c1d>] do_softirq+0x3d/0x96
 [<c0442347>] handle_fasteoi_irq+0x0/0xa2
 [<c0405d3d>] do_IRQ+0xc7/0xde
 [<c040463f>] common_interrupt+0x23/0x28
 [<c05a61f3>] lock_sock_nested+0x18/0xa3
 [<c05a664c>] release_sock+0x71/0xa1
 [<c05e4a6b>] udp_destroy_sock+0xa/0x1c
 [<c05a6eeb>] sk_common_release+0x12/0x8d
 [<c05ea6b1>] inet_release+0x40/0x45
 [<c05a4eb4>] sock_release+0x12/0x54
 [<c05a4f1e>] sock_close+0x28/0x2d
 [<c0460479>] __fput+0xba/0x16b
 [<c045e09b>] filp_close+0x4f/0x56
 [<c045e82b>] sys_close+0x67/0x96
 [<c0403ca4>] syscall_call+0x7/0xb
   =======================

В других логах ничего подозрительного обнаружено не было, кроме того, что iostat показывает загрузку 98-100 % при указанных мной условиях

мда, vmstat показывает загрузку 100 по CPU sy: Time spent running kernel code.

Может имеет смысл узнать что именно грузит, и затем уже логи смотреть?

Проанализировал top. Он показывает полную загрузку как раз на si (software irq).

Если смотреть загрузку по процессам, то 99.9% может показать любой процесс, так или иначе связанный с сетью, named, smtp, pop3d. Да и сам top очень изредка проскакивает в 99.9% загрузки CPU, но на это я думаю не стоит обращать внимания :)

Это я смотрел в момент тупняков при отправке большого количества писем.

Еще уточнение, в момент загрузки тем не менее отрабатывает свою функцию как шлюз без особых усилий.

ethtool -c eth1
ethtool -c eth2
Cannot get device coalesce settings: Operation not supported

cat /proc/interrupts
           CPU0
  0: 3775606729   IO-APIC-edge      timer
  1:         10   IO-APIC-edge      i8042
  7:          0   IO-APIC-edge      parport0
  8:          2   IO-APIC-edge      rtc
  9:          1   IO-APIC-fasteoi   acpi
10:          0   IO-APIC-edge      MPU401 UART
12:          4   IO-APIC-edge      i8042
14:  218394012   IO-APIC-edge      ide0
15:    2613832   IO-APIC-edge      ide1
16:          0   IO-APIC-fasteoi   uhci_hcd:usb4
17: 2052497578   IO-APIC-fasteoi   eth2
18: 2347711953   IO-APIC-fasteoi   ehci_hcd:usb1, eth1
19:          0   IO-APIC-fasteoi   Intel 82801DB-ICH4

===================================================
eth1: RealTek RTL8139 at 0xf887a000, ....., IRQ 18
eth2: RealTek RTL8139 at 0xf887c000, ....., IRQ 19

вот что странно

17: 2052497578 IO-APIC-fasteoi eth2
18: 2347711953 IO-APIC-fasteoi ehci_hcd:usb1, eth1
19: 0 IO-APIC-fasteoi Intel 82801DB-ICH4

eth1 - локаль
eth2 - внешка

Попробуйте обновить ядро хотя бы до 2.6.32 - у меня оно стоит и при работе с сетью все летает (8% загрузка на C2Duo);