Как правильно сделать образ HDD для последующей загрузки, и др. вопросы

Нет камней, если меняется только винт, то смело можно делать и проблем быть не должно. Главное чтоб НЕ МЕНЬШЕ новый винт был, а то могут быть проблемы с переносом.

dd вполне адекватно справляется с этой задачей.

1. Сгодится. При разбивке остается неиспользуемое пространство и обычно файловые системы не могут использовать остаток. который меньше размера блока. Сектор жёсткого диска до 2006 года был 512 байт, сейчас почти все 4096.

2. dd хватит для переноса на диск не меньшего размера.

3. Если новый диск меньше, то нужно уменьшить файловую систему например с помощью resize2fs и сдвинуть границу раздела. Лучше копировать разделами, а не диском. Ещё лучше на новом диске создать разделы с ФС и скопировать все файлы, если разделов много, главное сохранить атрибуты файлов. Не забудь про MBR, /etc/fstab.

Конечно нужно это сделать загрузившись с LiveCD или из режима восстановления и если не используется RAID или LVM(с ними не понадобилось бы останавливать систему).

Еще Сlonezilla LiveCD/USB можно использовать, это обвертка над dd и другими утилитами.

Втыкаешь диск в комп, пусть это будет /dev/sdb для примеру. Форматируешь по вкусу, монтируешь в /mnt Копируем

 rsync -xav / /mnt

 cp -rdpx / /mnt

Далее надо поставить grub

mount -t proc none /mnt/proc
mount -o bind /dev /mnt/dev
mount -o bind /sys /mnt/sys
chroot /mnt/ /bin/bash
/usr/sbin/grub-install --recheck --no-floppy /dev/sdb

3. Есть какие нить подводные камни в этом процессе?

главное, чтобы линукс был не стого диска загружен, с которого клонируешь. в идеале - лайвсиди.
если невозможно - то останови процессы помаксимуму.

Для начала повнимательнее изучите что такое raid edition и чем чревато использование таких винтов.