Суть проблемы:
$ cat /proc/sys/fs/file-nr
198656 0 199331
$ sudo lsof | wc -l
7301
Какой-то процесс (или ядро само?) отъел себе почти двести тысяч файловых дескрипторов в ядре. Все известные мне способ вывести список файловых дескрипторов для процессов (lsof, /proc/$pid/fd) показывают в сумме всего несколько тысяч для всей системы.
Я явно что-то упустил, что?