как сделать cat file1 >>file2 >file1

От ничего не понял. То есть ты хочешь добавить в file2 file1 и после этого сделать file1=file2 ? Нет ниче проще cat ./f1 >> ./f2 && cat ./f2 > ./f1

Вариантов массы

man tee

есть несколько потоков вывода, средствами шела (> 2&1) их можно загнать в одну нитку. в данном случае насколько я понял решается обратная задача -- как один поток раскидать на несколько веток

http://www.opennet.ru/man.shtml?topic=tee&category=1&russian=0

cat file1 >> file2|>file1