Не строятся графики zabbix 2.0.5

Посмотри может чего с индексами? Железо, для которого график строишь грузил? Если да и в него был добавлен слот, то после перезагрузки без перестроения индексов будет беда - интерфейсы сбиваются. Проскань железо snmpwalk и посмотри что к чему.

Железо: cisco 2960, cisco 3750, различное телекоммуникационное оборудование и т.д. Через snmpwalk всё видится и читается....

проверь индексы интерфейсов. Возможно после обновления они стали строиться по другому (изменились числа, по которым ты смотришь значения (загрузка, состояние, температура модуля sfp и т.д.)). Также проверь время не сервере. Посмотри что пишется в базу.

Каким образом мигрировали?

Апдейты базы при обновлении запускались? Они отработали без проблем?