Не работает MySQL в связке с PHP

Разные версии сервера и клиента MySQL. При переходе на 4.1 протокол аутентификации в MySQL, видимо, сменился. Вот старые клиенты и не могут на него попасть... В твоем случае, я так понимаю, потребуется перекомпиляция PHP с библиотеками от новой версии MySQL.

А еще можно попробовать в my.cnf указать:
[mysqld]
set-variable = old-passwords=TRUE
...
И пароль для user-а, под которым подключаетесь задавать с помощью mysql-функции OLD_PASSWORD().

Нужны библиотеки или хедеры?

mysql

MySQL Support => enabled Active Persistent Links => 0 Active Links => 0 Client API version => 3.23.49 MYSQL_MODULE_TYPE => builtin MYSQL_SOCKET => /opt/lamp/var/run/mysql.sock MYSQL_INCLUDE => MYSQL_LIBS =>

При пересборке сказал '--with-myql=/opt/lamp/lib/mysql'