ZFS + Samba = ?

А когда файлы протухают достаточно винда начинает их видеть?
Проверьте права на файлы, для тех файлов которые винда видит и для тех которые не видит права одинаковы?

Достаточно это насколько? :)

# ls -la
...
drwxr-xr-x  2 root root 40 Sep 26 23:00 2013-09-26
drwxr-xr-x  2 root root 50 Sep 27 23:00 2013-09-27
drwxr-xr-x  2 root root 48 Sep 28 23:00 2013-09-28
drwxr-xr-x  2 root root 41 Sep 29 22:00 2013-09-29

Первые две директории видно, последние две - нет. Права, как видно, идентичны.

Достаточно это насколько? :)

На два дня, судя по вашему первому посту:

показывает директории только двухдневной давности

У тебя там какой-нибудь раздел с ext присутствует? Скопируй файлы туда через rsync -aHAX <src> <dst>, пропиши в конфиг самбы и проверь, что будет. Если на ext всё заработает, при этом права/владелец/группа, расширенные атрибуты и ACL те же самые - значит действительно ZFS чудит.

zfs set sharesmb=on

Эта хрень включена, ни на что не влияет в общем.

Присутствует конечно, но небольшой. Я думаю заработает, на другом сервере массив с XFS большой таких приколов не выкидывал вроде.

Сегодня вот все файлы проявились почему-то, я склоняюсь к проблеме с виндой. Если опять пропадут попробую с макбука пришариться, посмотреть как там, в прошлый раз забыл проверить.

А посмотрите что там у вас в кроне.
И когда (если) снова появятся файлы-которые-показывает и файлы-которые-не-показывает посмотрите кроме обычных юниксовых прав ещё расширенные атрибуты (lsattr) и ACLи (getfacl).