Thunderbird - отключить аккаунт

В настройках.

где именно? я нашел только пункт «remove account».

Нужно, чтобы он не отображался в главном окне

AFAIK, никак.

и не ломися проверять сообщения

$accountName → Server Settings → Check for new messages at startup, Check for new messages every … minutes