Имеем Xubuntu 13.10. При выключении компьютера сохраняется сессия XFCE (при последующем включении запускаются все графические приложения, которые были запущены на момент выхода). Галочка «сохранить сеанс» в окошке, где предлагаются варианты выхода, не стоит. В редакторе настроек xfce4-session -> SaveOnExit имеет значение False.

Куда копать? А то вот забудешь закрыть прон перед выходом, а потом будешь включать, когда другие смотрят.