emerge --depclean удаляет установленный вручную ebuild

Пруф или не было.

Прописать его в world?

Установить пакет без флага one-shot // Ваш К.О.

emerge --select

установленный вручную ebuild

Как ставил? Если через ebuild <путь_до_файла_ebuild> clean merge - то неудивительно.

Кури man emerge

       --depclean (-c)
              Cleans the system by removing packages that are not associated with explicitly merged packages. Depclean works by creating the full dependency tree  from
              the  @world  set, then comparing it to installed packages. Packages installed, but not part of the dependency tree, will be uninstalled by depclean.

Оттуда же, как подсказали выше:

       --select [ y | n ] (-w short option)
              Add specified packages to the world set (inverse of --oneshot)

Как ставил? Если через ebuild
Да.
Ок. Спасибо!

Кстати, если ты вдруг не знал - содержимое @world можно посмотреть в /var/lib/portage/world

Кстати, если ты вдруг не знал - содержимое @world можно посмотреть в /var/lib/portage/world

и подправить

Я тоже раньше правил руками, пока не узнал о опциях --select и --deselect у emerge

А вот сеты да, часто бывает проще править руками

--select

Плохо, оно начинает пересобирать пакет, который установлен, но не находится в world. Вот --noreplace (-n) — другое дело, им можно добавить установленный пакет в world без пересборки.

ставил небось с -1?

Когда ты устанавливаешь пакеты, то устанавливай без -1, тогда оно будет прописываться в /var/lib/portage/world