emerge --depclean пытается снести нужные пакеты

Потому что твоего php нет в world, и надо сделать emerge --noreplace php. И прочитать ман, ёпт.

WTF?

man portage && man emerge

WTF?

RTFM

php в world есть, и его depclean сносить не предлагает, только mysql.

И где в мане написано, в каких случаях depclean сносит пакеты, от которых зависят пакеты в world?

У тебя в make.conf или packages.use указан мускуль-флаг для похапе или ты сделал USE=mysql emerge php ?

RDEPEND="|| (
        =dev-db/mysql-${PV}*[embedded=,minimal=,static=]
        =dev-db/mariadb-${PV}*[embedded=,minimal=,static=]
)"

mariadb случаем не стоит?

Внеси mysql в world.

Указан в package.use

Нет, не стоит.

Ну это же не заставит emerge впредь не трогать нужные по зависимостям пакеты.

Он этого и не делает

Какой версии portage? В багзилле помню, что видел один баг с depclean для нестабильной 2.2

Попробуй revdep-rebuild, он будет пересобирать php? Или сам пересобери php. У меня как-то раз случилось, что зависимость «протухла», после переустановки целевого пакета восстановилась. Я не знаю, портеж скорее всего что-то кеширует.

Не, у меня 2.1.10.65. На 2.2 все забываю перейти.

emerge virtual/mysql думаю должно то что надо в world добавить. Чтобы в world не добавляло юзать надо -1 (--oneshot). Например, при обновлении чего-либо обычно emerge -avu1 юзаю.

Чтобы в world не добавляло юзать надо -1

Наткнулся у себя на проблему ТС в промышленных масштабах. Выяснилось, что в make.conf был прописан параметр emerge -1. Никто не знает, зачем я его туда втулил? :)