как правильно снести libboost и поставить новый?

Ещё понадобится revdep-rebuild. Команда найдёт то, что имеет неразрешённые зависимости, и пересоберёт эти программы.

Да. Потом ещё emerge @preserved-rebuild сделать надо будет.
И ещё, маленькая рекомендация. Собирай с -b, тогда если что-то сломается можно быстро откатываться на предыдущий пакет с -K, хотя и не конкретно в твоём случае.

хм, а никто не подскажет почему нету в dev-libs/boost файлов связанных с coroutines?