>how to make dpkg-reconfigure rewrite XF86Config-4?
^^^^ Здесь есть "-4"
>I have changed it by myself but i also have recalculate
>md5sum in /var/lib/xfree86/XF86Config.md5sum
^^^^^ а здесь нет ("-4")
md5sum /etc/X11/XF86Config-4 > /var/lib/xfree86/XF86Config-4.md5sum
dpkg-reconfigure xserver-xfree86
Я писал команду с -4, только здесь когда постил ошибся. Кстати, в домашнем каталоге рута после dpkg-reconfigure появляется XF86Config.new, но в нечто не очень похожее на рабочую конфигурацию.