Этот poppler - вечная заноза, из-за которой постоянно зависимости ломаются на бинарных пакетах. Я обычно исключал его из обновления через --exclude. Правда, через полгода у меня список исключения разросся до нескольких строк.
У меня сейчас похожая проблема: свежеустановленная гента(systemd + gnome 3), при попытке установить libreoffice-bin возникает конфликт с poppler, решил установить просто libreoffice - сижу, жду пока скомпилится.
Удали затуру и ставь либру из исходников. Вообще если сидишь на бинарном профиле, даже не рыпайся ставить что-то из исходников - если поставил, то перекатывайся на полностью сорцевый профиль, иначе при каждом обновлении ты будешь так страдать.
У меня на атоме он (4.3.* версии, емнип) собирался 18 часов, без distcc. После 24 часов ожидания 5.0.5.2 плюнул и поставил бинарник. Сейчас тоже с этим поплером вожусь.
Гента на атоме? Да ты мазохист. Я пока не разжился процессорм и памятью, чтобы собирать мир за 12 часов, даже не смотрел в сторону генты, и тебе не советую. Лучше уж арч, или слака.