Debian 8.5, gnome 3.14, chromium, pepperflashplugin-nonfree

Похоже на полигоны из opengl, а ещё на элемент современного дизайна.

Все гораздо проще - это моя обоина: http://imgur.com/6L3JgGo Зачем она только вылезает, не понятно

Ну я могу сказать, отчего такое происходит. Это наложение особенности pepperflash, который воспринимает только первый указанный ему размер области, X11, который разрешает множество событий смены размеров окна, и конкретного window manager, который шлёт множество событий смены размеров окна.

Только толку тебе от этого? Если у тебя нет (а) времени на то, чтобы разобраться, как Chromium разворачивает плагин в полноэкранный режим, (б) умения писать код, чтобы это исправить, и (в) желания и упорства в пропихивании исправления в апстрим, то это просто бесполезное знание.